Эндоскопическое отделение было открыто 1 октября 2006 года. В отделении проводятся лечебные и диагностические обследования: эзофагогастродуоденоскопия; фиброколоноскопия; фибробронхоскопия. Ведётся приём стационарных больных в плановом и экстренном порядках, больных с приёмного отделения, а также амбулаторных пациентов.