Эндоскопическое отделение Вологодской областной клинической больницы № 2 организовано в ноябре 1990 года. В распоряжении специалистов имеется эндоскопическая аппаратура японских фирм Olympus и Pentax, с помощью которой выполняются диагностические исследования пищеварительной и бронхолегочной систем, включая эзофагогастродуоденоскопию, колоноскопию и бронхоскопию.