В эндоскопическом отделении проводят: эзофагогастродуоденоскопию - диагностика любых заболеваний пищевода, желудка, двенадцатиперстной кишки с использованием фиброгастроскопов, видеогастроскопов стандартного и высокого разрешения, производства фирм "OLYMPUS" и "PENTAX", Япония. Колоноскопию - диагностика любых заболеваний толстого кишечника и подвздошной кишки с использованием фиброколоноскопов, видеоколоноскопов стандартного и высокого разрешения производства фирм "OLYMPUS" и "PENTAX", Япония. Узкоспектральную эндоскопию - диагностика опухолевых заболеваний пищевода, желудка, двенадцатиперстной кишки, толстого кишечника, включая рак и предраковые состояния, на ранних, бессимптомных стадиях их развития с использованием узкоспектральных видеоэндоскопов высокого разрешения производства фирмы "OLYMPUS", Япония.