Отделение эндоскопии ФГБУ "НМИЦ кардиологии" Минздрава РФ было организовано в 2012 году, продолжая традиции кабинета эндоскопии, который функционировал с 2002 года. Оно оснащено высокотехнологичным оборудованием от «OLYMPUS», что обеспечивает быструю и точную диагностику, а также возможность проведения лечебных процедур. В рамках отделения работают две комнаты для гастроскопии, специализированный кабинет для колоноскопии, дневной стационар с уютными одноместными палатами, а также зона восстановления для пациентов после анестезии. Кроме этого, имеются различные вспомогательные помещения.