В эндоскопическом отделении ОГАУЗ «Городская клиническая больница №3 им. Б. И. Альперовича» осуществляются основные многопрофильные лечебно-диагностические манипуляции при патологии пищеварительной и бронхо-лёгочной системы по плановым и экстренным показаниям. Отделение оснащено только импортными фибро- и цифровыми видео-эндоскопами фирмы «Olympus», «Fujinon» и «Pentax» (Япония).