Эндоскопическое отделение выполняет в год до 9000 всех видов эндоскопических диагностических исследований, оперативных и лечебных процедур в год. Отделение оказывает практическую помощь республиканским медицинским учреждениям и центральным районным больницам по линии санитарной авиации, а также является методическим центром для эндоскопической службы Республики Бурятия.