Эндоскопическое отделение было открыто для оказания специализированной эндоскопической помощи пациентам, страдающим заболеваниями желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) и трахеобронхиального дерева (ТБД). В состав отделения входят три эндоскопических кабинета в стационаре и кабинет диагностической эндоскопии в поликлинике.