Эндоскопическое отделение основано в 1987 году. За многие годы работы внедрены в практику все разделы эндоскопии, применяемые для обследования желудочно-кишечного тракта, бронхолегочной системы. В отделении проводятся не только эндоскопические диагностические исследования, но и лечебные манипуляции.